Коллекция музея открывается картиной В.А.Серова «Похищение Европы» - программного произведения, которое занимает особое место не только в творчестве Серова, но и в истории русского искусства вообще. Написанная в 1910 году, в самом начале нового века, она знаменует поворот русского искусства от реализма к модернизму.

Основу первой части составляют мастера т.н. парижской школы, в которой художники-евреи составляли большинство. Марк Шагал, Хаим Сутин, Осип Цадкин, Жак Липшиц, Соня Делоне, Антон Певзнер и Наум Габо – все они были выходцами из Российской империи и все они, вместе с их общим другом Амадео Модильяни, оказали огромное влияние на искусство ХХ века. К этому ядру парижской школы теснейшим образом примыкают художники эстетически им близкие, жившие и работавшие в Париже, но большая часть жизни которых, прошла в Советском союзе – Натан Альтман, Роберт Фальк, Давид Штеренберг, Александр Тышлер. Особое место в этой первой части музея занимают работы Марка Ротко, Луиз Невельсон и Люсиана Фрейда, без которых любая коллекция современного искусства была бы не полной.

Вторую часть Музея МАГМА составляет уникальная в своем роде коллекция работ художников родившихся и сформировавшихся уже в Советском союзе. Искусство этих художников называют по-разному – нонконформизмом, подпольным искусством, или вторым русским авангардом. В музее представлены работы т.н. шестидесятников – Владимира Вейсберга, Оскара Рабина, Владимира Яковлева, Эдуарда Штейнберга, Дмитрия Лиона, Владимира Янкилевского, и художников семидесятых годов – Ильи Кабакова, Эрика Булатова, Виктора Пивоварова, Гриши Брускина. Именно усилиями художников нонконформистов был разбит железный занавес, отделявший все советские годы искусство в России от мирового художественного процесса. Особого внимания заслуживает собрание работ Михаила Шварцмана в музее МАГМА, являющееся самой значительной коллекцией картин и рисунков этого художника.

Мало какой музей или частная коллекция может похвастаться и таким собранием картин Эрика Булатова. В этом редком по качеству и значению собрании почетное место занимает его картина 1971 года «Горизонт», ставшая важнейшей вехой в истории неофициального русского искусства.